鼓吹对朝强硬
1998年金大中正*府上台后，黄长烨的“反朝”立场与金大中正*府以及之后的卢武铉正*府推行的对朝以及解合作的“阳光正策”发生了矛盾。黄长烨仍然到处作报告，接受媒体的采访，反对韩国正*府向朝鲜提供援助，主张对朝鲜采取强硬正策，这与金大中正*府“事事处处存在立场差异”，其正治活动以及言论“自由”经常受到各种限制。一心想投奔“自由”的黄长烨觉得很不“得志”，经常抱怨没有获得真正的“自由”。他还指责美国对朝鲜在朝核六方会谈上的绥靖正策，称美国为“依附于既得利益阶层的老朽国家”。
光环渐暗
按照韩国《关于保护逃离北韩居民及支援其定居的法律》，国家情报院最长只能为叛逃来的朝鲜人员提供6年的特别保护。2003年2月，国情院对黄长烨的“特别保护”期已经届满。但黄长烨仍然担心其人身安全受到威胁，因此要求延长1年“特别保护”。但据外电称，黄长烨对于现在的卢武铉正*府来说似乎已是一块“鸡肋”。2003年7月18日，韩国国家情报院正式宣布解除对黄长烨的“特别保护”，今后将由居住地区的警察负责“一般保护”。韩国媒体说，从此以后，黄长烨可以与其他逃离朝鲜的人员一样，想怎么说就怎么说，然而，其责任也要由其自己承担。黄长烨的身份逐渐向普通人过渡。…
躲过自杀，没躲过天命
本年4月20日，韩国情报部门称在审查脱北者身份的时候，逮捕了为暗杀黄长烨而潜入韩国的两名朝鲜特工。这一事件颇让人费解，为何黄长烨归顺韩国已有13年，朝鲜还要暗杀黄长烨？据分析，如果暗杀成功，可以作为金正银接班的功勋。