编导第三个重要的质疑针对93号航班。好莱坞后来还拍摄了一部电影，名字就叫《93号航班》，很感人。不过纪录片编导指出，这是一个伪造的故事。美国人方指出，93号原计划撞向白宫，后坠毁于宾夕法尼亚。然而，第一时间赶到现场的记者发现，坠毁现场只有一个5-7米长，宽约3米多的坑。 赶到现场的验尸人说，没有任何乘客的尸体。纪录片编导认为，93号航班的坠毁是伪造的。真实情况是，93号航班大约在10点45分左右，降落于俄亥俄州霍普金斯机场，人方说93号航班上有200名乘客，纪录片编导认为只有少数几个特工。
2003年5月10日，航空公司的一名工作人员，在芝加哥O'Hare机场发现，美联1111航班的尾部有一个编号：N591UA。普通人可能不明白这个编号的含义，专业人员知道，这个编号原先属于93号航班!而这两个航班的机型都是757。 如果要质疑93号航班的坠毁，如何解释飞机上乘务员、乘客与地面的通话呢?纪录片编导播放了911（委）员会提供的电话录音，一名女乘务员在向地面报告有3人死亡，自己也不能呼吸的时候，声音镇定、平缓，没有任何紧张或气喘，声音背景干干净净，没有任何杂音。 一个乘客给母亲打电话时，报的是自己的英文全名!有“好事者”做了这样的试验：在航班正常飞行的高度，手机与地面电话的接通率是0.6%。911事件3年后，2004年，美航为了让乘客在飞机上也能正常使用手机，特地在飞机上安装了一个信号基站，而911的时候，飞机上没有这个东西。那么，93号航班上给妈妈打电话的那位乘客，通了断了好几次，按照没有基站时0.6%的接通率，几乎是不可能的。编导认为，电话录音是伪造的。 从对事件爆炸图片和视频图象的分析看，该楼爆毁的图象，应该更像是内部预先设置了能引致高温导致钢铁融化的爆炸物，被同时引爆后爆炸和燃烧的结果。而，在911发生之前两天，该楼可疑地发生了以更换电缆名义进行的两天人为全楼断电事件。换句话说，存在作案的时间和机会。同时更为巧合的是，负责双塔楼保安公司的老板，恰恰是布什总统的弟弟，而该公司在911事件后即神秘解散消失了。