王立军在供述中称，第二天，郭维国带着王智和王鹏飞来到北京，我当着郭维国的面把王智和王鹏飞骂了一顿。我认为应该是我骂他们的话传回了重庆。从去年12月14日以后，薄谷开来就跟我变脸了，接触的时候就不一样了，没有以前热情了，开始对我防备。郭维国、王鹏飞、王智证言也证实了上述情节。
2011年12月底，王立军身边4名工作人员被非法审查。王立军和薄谷开来的矛盾越来越大。
相关证人证言显示，2012年1月28日，王立军向当时的重庆市.（委）主要负责人反映薄谷开来在“11·15”案件中有重大作案嫌疑，29日上午受到其怒斥，并被打了耳光。当时在场的郭维国在讯问笔录中称：“打了王立军，这个矛盾就公开化了。”
矛盾激化后，王立军当日即安排李阳等人重新调取证人证言，妥善保管尼尔·伍德心血等关键物证，重新整理薄谷开来涉嫌故意杀害尼尔·伍德的证据材料，并提供了其秘密录音资料。后又将整理的卷宗交由李阳等人转移、保管。
王智在讯问笔录中称，1月29日，王立军把我和王鹏飞、李阳喊到他办公室，让我们把“11·15”案件重新整理卷宗。我们花了好几天时间制作了卷宗。王立军让我、王鹏飞和李阳分开保管，要放在安全的地方。
王智还说，我知道王立军当时和薄谷开来“翻脸”了，不然王立军也不会让我们整理这些卷宗，他启动这个案子应该有他个人的目的。
——私自出走。
2012年2月2日，王立军的重庆市副市长工作分工被调整，不再兼任重庆市公安局局长职务。2月初，王立军身边另外3名工作人员又被非法审查。王立军感到自身处境危险，遂产生叛逃的想法。
2月6日，王立军以洽谈工作为由，借故取消原定公务安排，于当日14时31分私自进入美国驻成都总领事馆。
重庆市有关部门证实，期间，重庆市.（委）、市正*府没有任何公务活动安排需要副市长到成都开展工作，没有任何公务活动需要副市长到美国驻成都总领事馆进行外贸、外事接洽，也没有安排包括王立军在内的副市长到美国驻成都总领事馆开展外事活动。
起诉书显示，在美领馆内，王立军与美领馆人员就环境保护、教育、科技等事项作了短暂交谈后，即称因查办案件人身安全受到威胁，请求美方提供庇护，并书写了正治避难申请。