1962年，以色列加速核武器开发进展，肯尼迪在年底向梅厄外长表示美国承诺给以色列核保护，并暗示以色列放弃核武计划。
私下肯尼迪要求情报部门加紧收集以色列核情报，还指示国务院制订遏止以色列核计划方案。
5月5日，肯尼迪以文件形式要本古里安同意，美国对摩迪纳基地进行一年两次核检查，不再使用参观一词。
本古里安反将肯尼迪一军，他希望美国不要将目光盯在以色列核开发上，而是应注重以色列面临的安全威胁。
7月5日，肯尼迪再次要求以色列同意更严格核查，美国有拳进入以色列核基地所有区域，检查时间必须保证充分，并威胁说：如果美国得不到可靠回应，那么美国的安全承诺和支持将面临重大危险。
说白了就是以色列再偷偷搞核武，美国将撤销援助。
以色列新总理埃什科尔认为肯尼迪不尊重以色列主拳，但他比本古里安圆滑得多，拖延战术运用得更成功。
而美国跟苏联，英国，法国在急于达成协议，垄断全球核武器地位。这使得以色列认为美国在跟苏联联手压制以色列。
肯尼迪在常规武器上尽力满足以色列人，正是在他任上，美国开始对以色列出口“霍克”导弹等先进武器。
但在核问题肯尼迪始终认为以色列拥核不符合美国利益，极力压制。而以色列又不敢跟美国摊牌闹翻。
除了运用犹太游说集团向美国国会施加影响外，本古里安自己用苦肉计辞职下台，把核查一事移交给下任总理才能什科尔，为以色列核开发赢得时间。
基本上来说，美以关于核问题，双方处于斗而不破状态，但以色列面临压力非常之大，失去美援和保护是不可承受的后果，这种可能性必须完全消解。