除了北京的北新桥，各地都有过锁龙井的故事，但过程大同小异，有几个共性:一是拉动铁链很长后，井水出现翻滚现象，二是腥味涌来，三是井底传出牛鸣般声音。
在古代，由于人们认知有限，加上空间的变化，井筒的作用等诸多因素，可能会形成一些奇怪的声响，让人以为此井真的连通大海、下有蛟龙作怪。便想出链锁蛟龙的办法。于是打造大铁锁链，请法师刻上符咒作法后垂于井底，希望借此铁锁链锁住“海眼”中的蛟龙，以免出来为祸百姓。
由于大铁链垂于井底形成堆积，改变了地下河水的流速、撞击角度，可能消除了井下产生怪声的因素，便误以为蛟龙真的被锁住了，所以对井下有龙更是深信不疑。
当人们拉出铁链时，由于少了铁链的阻挡，地下水流恢复原流动状态，所以怪声会再次传出。至于伴随着有大量气泡、黑水等奇怪现象，是由于铁链常期浸泡产生锈蚀，导致扰动井水变色并形成一些气泡，伴随铁链被拉起时产生的震荡和搅动，这种现象会更加明显，也不排除人们当时的恐惧心理，会产生一定的错觉。
长久以来，就有所谓的“海眼”传说，海眼顾名思义就是海的眼睛，是大海延伸到内陆的一个出水口。地球表面海水占了绝大部分的面积，所以这个说法似乎是说得通的。
在我国古代的典籍中，“海眼”即“归墟”。传说我国南海有一处海眼，深不见底，倾天下之水也难以将其填满。 西部直通天庭的巍巍昆仑山相对应，《山海经.大荒东经》记载了在"渤海之东"的茫茫大海上还有一个无底之谷。它有一个极富象征性的名字，"归墟"。