在赖昌星携妻儿逃亡加拿大后，赖氏家族的命运也遭遇滑铁卢。
远华集团内部，赖氏家族成员有二三十人之多，且大多参与了走私。1999年4月20日，中纪（委）等部门成立专门督办此案的“420专案组”后，远华集团70多名走私骨干，包括赖氏家族的主要成员，大多逃亡海外，后来部分人又陆续归案被判刑。
事发前，远华集团由赖昌星个人独资拥有，是典型的家族企业。赖昌星担任董事长，妻子曾明娜任董事，负责公司的财务管理。而公司的高管大部分都来自赖、曾两家——赖昌星的大哥赖水强、二哥赖昌标、四弟赖昌图、曾明娜的弟弟曾明育都曾是远华的董事会成员。
赖昌标曾是赖昌星最得力的助手，在赖昌星与高人们觥筹交错时，赖昌标如同大管家一般负责公司走私业务的规划。赖昌标曾一度喜欢出入娱乐场所，买醉寻欢。1999年春节前夕，在一家歌舞厅，赖昌标因与另外一名客人争抢一名小姐而大打出手，结果被自己的保镖误伤——一只啤酒瓶砸在他头上，自此成为植物人。7年后，赖昌标去世，终年51岁。
当年春节过后，痛失一员大将的赖昌星说服大哥赖水强到厦门协助他管理业务。自此，赖昌标的职务由赖水强接管。据报道，在赖昌星得到密报逃亡港澳期间，赖水强成为远华的代总管，将远华的不动产变现，再通过地下钱庄，输出境外。
“远华案”爆发后不久，人方开始通缉赖水强。据报道，起初，大陆警方的抓捕行动并不顺利，赖水强行踪诡秘，且身边常有数名打手和保镖跟随。其中一位保镖还曾获得过全国散打冠军，并当过武术教人。1999年，赖水强在其弟弟赖昌星投资建设的同安影视城内被抓获，此时距离他进入远华管理层还不到一年。
1999年12月29日，赖水强被解除监视居住，准予取保候审。随后，赖水强积极劝说小弟赖昌图、儿子赖文峰、赖文曲、女婿黄克臻等14名赖氏家族成员，从境外回国投案自首，赖水强也因此获得从轻处罚，判处7年有期徒刑。2002年，54岁的赖水强在服刑期间突然发病，送医无效病逝。
2000年，在赖水强的劝说下，赖昌星的弟弟赖昌图从澳大利亚归国自首。当年，他被判刑15年，由于狱中表现积极，减刑4年，于2011年上半年刑满，并于2008年9月11日被核准假释。
“远华案”爆发当年，赖昌图曾相信三哥赖昌星很快就会摆平，因此只是回到香港暂时避风头，匆匆出境时并未携带足够现金。在无法力挽狂澜的赖昌星逃亡加拿大后，赖昌图和妻子卖掉钻戒、手镯、项链等首饰，凑足20万港元，为孩子办理了赴澳留学手续，并举家逃往澳洲。据其描述，在澳大利亚期间，他寄宿在朋友家中，靠帮朋友拥有的蔬菜店打杂度日。
与赖昌星一样，赖昌图也曾有香港居民身份。归案自首后，他的香港居民身份被取消。假释期间，其大陆身份也未完全恢复。假释后的赖昌图成为曝光率最高的赖氏家族成员，他一个人住在赖昌星的房子里。赖昌图与赖昌星长相十分相像，曾多次接受媒体采访时谈及赖昌星。
当年投案自首的还有赖昌星的侄子赖文峰，即赖水强的大儿子，后在监视居住期间流亡海外。近年回国，在向调查组说明情况后回家，现已结婚。
由于家庭变故，赖昌星的大姐、二姐均在这十年间，抑郁而终。目前，赖家八个兄弟姐妹，已有四人过世。
2009年5月3日，潜逃多年的赖昌星前妻曾明娜抵达厦门国际机场，回家与父母团聚。她受到了大陆人方的照顾，没有被判刑，并被安排在厦门一套100余平米的套房中，行动自由，每隔一段时间还会前往晋江看望双亲。