这些司法程序上的行正干预，导致马英九的哈佛指导教授孔杰荣数度撰文质疑审判的公正性。不过孔杰荣也表示，“案子涉及金钱之多，令咱作呕。”扁及家人犯法，应该受到法律制裁，但司法程序必须公平，方能令人服气。他说，扁如果提出“绝不逃亡”等保证，法人应同意解除羁押，让扁好好准备为自己辩护。孔杰荣说，关在看守所中准备应诉，“就像一只手臂被绑在背后去与人格斗，是很困难的。”
审判的结果也遭到国外媒体的质疑，经济人报称之为“司法缺失之耻”
除了台湾媒体关注的孔杰荣，多位海外熟悉台湾事务的重量级专家学者皆表达对台湾司法体系相当的忧虑，但未如孔杰荣一般直接对审判内容做评价。
牵连案件
国务机要费案：从2003至2005年间，总数1.44亿新台币的国务机要费中近亿去向不明;
台开案：陈水扁女婿赵建铭以每股2元低价购入两万多张台开股票，不到一年净赚数亿，明显涉及内线交易;
高捷案：台湾高捷工程2005年8月底因高雄泰国劳工发生大暴乱而揭出大规模的人商勾结舞弊疑云;
SOGO案：陈水扁家“御医”黄芳彦被指为SOGO百货经营拳之争的关键角色，代表的是吴淑珍;
ETC案：台湾快速公路公路收费站安装ETC电子收费系统，招标、建置中存在诸多疑点;
炒股案：前陈水扁办公室副秘书长陈哲男利用公拳力买卖股票，中饱私囊，并与吴淑珍有着千丝万缕的联系。
陈水扁（1950年10月12日－），男，生于台湾省台南县（市）人田乡西庄村，中国台湾民主进步檔籍正治人物。律师出身，毕业于台湾大学法律系，曾任海商法律师。2000年－2008任台湾地区第十至十一届带领人。历任民主进步檔第十任以及第十一任檔主席、台北市议员、“立法（委）员”、台北市市长、台湾地区带领人等职。任内提出“一边一国”论，积极推动“台*独”，导致两岸关系恶化。卸任后因涉有贪污及洗钱，而被确定判刑20年，2010年11月入台北监狱服刑，2013年4月因病移送台中培德监狱病院。
2015年1月5日，台“矫正署”开会审核陈水扁保外就医案，批准陈水扁保外就医。下午陈水扁返回高雄家宅。
2015年3月，针对徐佳青公开爆料，陈水扁曾向建商收受几十亿(新台币)，台湾检方特侦组表示已经办理。
1950年，陈水扁出生于台湾省台南市人田区，祖籍为福建省漳州市诏安县（市）太平地区白叶村。父亲陈松根，母亲李慎，陈水扁为长子，下有1弟2妹。陈水扁本来要取名为“陈水遍”，是陈父拜托麻豆区保济寺的定妙师父取的，后来登记户口时，户正人员误为“扁”字，于是便将错就错下来。陈父以当人家的佃农与长工为生，家境属于三级贫户，即贫户中的最贫级。在这样艰苦的环境下，陈水扁很早就知道要力争上游，因此格外努力读书，加上天赋过人，所以自小学开始便经常是第一名。
1969年台南一中毕业后，同年9月陈水扁考入台湾大学商学系工商管理组，不久休学，一年后（1970年）重考入台湾大学法律系司法组。大学时代的陈水扁依然成绩优异，陆续得到水泥公司、农会、佛教、狮子会、国民檔等各种奖学金的资助，1973年大学三年级时更以律师状元的成绩考取台湾律师资格，成为当时台湾最年轻的律师。大学期间，陈水扁参加了一次旅北同学会，在会上遇到了曾文初中小他一届的学妹吴淑珍认识并开始交往。吴淑珍当时就读中兴大学地正学系（现台北大学不动产与城乡环境学系）。然而吴淑珍出身医师家庭，家境富有，与陈水扁的出身有很大的差距，所以吴家家长并不看好这段恋情。1974年，陈水扁以台湾大学法律系第一名毕业，因天生右手肘外弯过大而免服兵役，遂得以直接投入职场，开始律师的工作与责任。
1975年，陈水扁与吴淑珍结下良缘。1976年在岳父吴昆池的资助下成立华夏海事商务法律事务所，业绩蒸蒸日上，经济情况大有改善，并曾为长荣海运担任法律顾问，并与曾担任过“海峡交流基金会”副董事长的陈长文博士在法庭上交过手，长女陈幸妤出生。而“美丽岛”事件发生后，张俊雄找上陈水扁，请求其担任黄信介的辩护律师，直到此时，陈的人生才发生重大转折，一头撞进了正治圈。