现在，随着对建文帝出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人渐多。那么，明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗?有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是建文帝的皇后马氏。朱棣在废墟中找到的尸身面目全非，难以分辨真伪。而且，史料没有发现安葬马皇后的记载。还有一点值得注意的是，在明朝中后期竟然没有人知道建文帝葬于何处，可见当时的人也都不认为真的安葬过建文帝，因此不用祭奠扫墓，时间久远就变得无人知晓了。其实，朱棣本人也可能知道礼葬的并不是建文帝本人，但这并不影响举行礼葬仪式，因为只有这样才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言顺地坐上皇帝的宝座。
另外的一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎，7岁，次子朱文圭，2岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明。《明史》中说“燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的“靖难之役”长达4年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组.织有效的反攻。
也有人指出，建文帝自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，建文帝想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。建文帝也深知他的四叔是个贪拳无厌、残暴无情的武夫，落在他手里绝无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则，他就不能当皇帝。
朱允炆下落之谜大揭密——可能去过的八个地方
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢?综合各种资历与相关介绍，有如下八种说法：
一、逊国为僧，云游四方
正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资历与相关介绍考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、江西等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，“西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。
西南数省，留有很多有关建文帝的遗址以及传说。徐霞客在《徐霞客游记》中记载有建文帝曾在贵州白云山修行时遗留的遗迹：“有巨杉二株，爽立磴旁，大合三人抱;西一株为火伤其顶，乃建文君所手植也。再折而西半里，为白云寺，则建文君所开山也;前后架阁两重。有泉一坎，在后阁前槛下，是为‘跪勺泉’。下北通阁下石窍，不盈不涸，取者必伏而勺，故名曰‘跪’，乃神龙所供建文君者。中通龙潭，时有金鲤出没云。由阁西再北上半里，为流米洞。洞悬山顶危崖间，其门南向，深仅丈余，后有石龛，可旁为榻。其右有小穴，为米所从出流以供帝者，而今无矣。左有峡高迸，而上透明窗，中架横板，犹云建文帝所遗者，皆神其迹者所托也。洞前凭临诸峰，翠浪千层，环拥回伏，远近皆出足下。洞左构阁，祀建文帝遗像(阁名‘潜龙胜迹’，像昔在佛阁，今移置此)乃巡方使胡平运所建，前瞰遥山，右翼米洞，而不掩洞门，其后即山之绝顶。”
一些书中还记载有建文帝的诗文，虽然无法判断是否是后人假托，但还是有些符合建文帝身份的。下面这首诗据说是建文帝避难贵州金竺(今贵州广顺)时所作：
风尘一夕忽南侵，天命潜移四海心。
凤返丹山红日远，龙归沧海碧云深。
紫微有象星还拱，玉漏无声水自沉。
遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
此外，在《明史·姚广孝传》以及《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死，也产生过怀疑，又听说了很多传言，有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。他就把建文帝的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落。《明史·胡传》载“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝(指成祖)疑之。(永乐)五年遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在，以故在外最久。”即朱棣是让户科都给事中胡濙以颁布御制诸书以及访寻张邋遢的名义，遍行郡、乡、邑，搜寻建文帝的下落，前后长达16年之久。这里所说的张邋遢，就是小说中经常出现的张三丰。他是个奇人，不修边幅，飘忽不定，据说能一日千里。成祖对胡濙侦缉建文帝的事情非常重视，不允许胡濙为母“丁忧”的请求(人员父母逝世，应守孝三年，称为丁忧)。