《明史》中说：“先未至，传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑以及数辈浮海下西洋，至是疑始释。”就是说，朱棣得不到确切消息，故另派郑以及下西洋“欲寻踪迹”。
一直到永乐二十一年(1423年)的一个晚上，胡濙匆忙赶回北京，恰巧成祖北征驻军宣府。胡濙赶到宣府时成祖已经睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。二人一直谈到四更。看来胡濙是打听到了建文帝的确切消息，似乎事隔多年建文帝已经没有重夺帝位的想法了，成祖朱棣由此放心，不在究问建文帝踪迹。
二、漂洋出海，不知所终
有传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。当时中国去往南洋的人很多，据说张士诚失败后，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑以及数次下西洋，一为宣扬国威，一为寻找建文帝踪迹。据《明史》载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。永乐三年六月，命以及及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多赍金币。”在郑以及的船队里，还有一部分是锦衣卫，专门负责侦缉，至于是否探知建文帝踪迹,就不得而知了。
三、北京西山说
谷应泰《明史纪事本末》以及郑晓《吾学篇》中，记载有正统七年，建文帝因年纪已老，就到广西思恩州人府，自称是建文帝。当地人员急忙上报朝廷，将其送至京师。朝廷派老宦人吴亮前去辨认。建文帝一见到他就叫出了他的名字，吴亮否认。建文帝又说当年他进膳时，扔一片鹅肉到地上，吴亮像狗一样趴下去吃掉。吴亮听后伏地大哭，回去后就上吊死了。建文帝被迎入西内，老死于宫中，葬于西山，不封不树。
其实这是谣言，不过还是有一定根据的。《英宗实录》载正统五年(1440年)十一月，有个僧人从云南到广西，自称是建文帝，年90余岁。当地人员将其遣送到京师，大臣们怀疑他是假冒的。经过究问，他承认本名叫杨行祥，河南人，洪武17年为僧，受到别人的蛊惑才假冒建文帝的。于是英宗将其押入大牢，过了4个月就死在狱中了，同谋的12名僧人被发配到辽东守边。
四、江苏吴县（市）说
《文汇报》的记者徐作生通过查阅文献以及亲自到江苏吴县（市）去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资历与相关介绍，认为建文帝当年离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏于江苏吴县（市）普济寺内，此后一心为僧，无复国之意。不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到永乐二十一年(1423年)病殒于此，终年47岁，葬于庵后山坡上。这也自成一说。
五、四川望京寺说有人则认为建文帝在四川平昌佛罗寺躲藏过，并病逝于此，葬于寺后山坡上。建文帝之所以选择佛罗寺，是喜欢这里偏僻难寻，不容易被发现。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，后人就把佛罗寺改称望京寺。
六、还有一种说法，据《江油县（市）志》记载：明朝建文帝(朱允炆)兵败归隐山林，具体地址不详。