从科学的角度看是与人类视觉系统的构造有关，从艺术角度认为她的微笑并非幸福，更不是美丽，于是人们乐此不疲地用不同的故事来追索着达芬奇的密码。
蒙娜丽莎十大恐怖之处
在 1993年，加拿大美术史家苏珊·吉鲁就公布了一项令人震惊的研究成果。她说蒙娜丽莎那倾倒无数观赏者的口唇，是一个男子裸露的脊背。这一论断既新鲜又荒诞，然而论证却是有力的。集画家、雕刻家、建筑师、工程师及科学家等多种才艺于一身的达·芬奇，可谓是个“怪杰”。他喜欢穿粉红色外套，在胡须上毫无顾忌地涂上五颜六色，还常称自己解剖过不下30具死尸。他还是个左撇子，习惯从右到左倒着书写，别人要借助镜子才能读出他写的东西。因此借助镜子亦不失为欣赏者读画的一种方法。旋转90度后从镜中看蒙娜丽莎抿着的笑唇，恰好是一个背部线条分明的结实男性脊背以及左臂和肘部的一角;再说，表现人与体美和呼唤人性的觉醒，既是大师的人生哲学，又是他的艺术观。
画中，左边的地平线比右边的低，蒙娜丽莎的左侧看上去比右侧大。历史上左边代表女性，体现达·芬奇崇拜女性。
因此，贝尔实验室的莉莲·施瓦茨有一天忽发奇想，在电脑上将《蒙娜丽莎》与达·芬奇的自画像相重叠，发现二者的眼睛、发际线与鼻子等轮廓竟然能够完全重合。施瓦茨最终得出结论，《蒙娜丽莎》就是达·芬奇的自画像。至于达·芬奇为什么要把自己画进一个永恒的女性形象，一种解释是因为他要用这种方式隐晦地挑战以基督教为代表的西方男性霸拳话语。蒙娜丽莎是一个雌雄合体，这是达·芬奇心目中人性最理想的结合方式，男人和女人平等地融合在一起。从字源上来看，古埃及的生殖男神叫Amon，生殖女神叫Lisa，稍微玩一点变体的游戏，合在一起就变成了MonaLisa。
真伪之谜
在《蒙娜丽莎》的故乡意大利，拥有无法估量的艺术宝藏，却不曾拥有《蒙娜丽莎》，不能不说是巨大遗憾。这是世界上拥有最多发烧友的一幅画，不仅艺术界，单就正界要员对她的迷恋就令人诧异：大名鼎鼎的戴高乐总统每当心绪烦躁时，必驱车前往卢浮宫欣赏《蒙娜丽莎》，出来后便满面春风，原先的烦恼荡然无存，而邱吉尔晚年有幸亲抚《蒙娜丽莎》时，竟无法控制颤抖的手指。
