完成了出境大厅的通关手续之后，穿过港珠澳大桥收费站，就正式进入了大桥主体部分。这是港珠澳大桥唯一一座收费站，去往香港方向先收费，而由香港过来的车后收费。

过了收费站，大巴分别会经过九洲航道桥、江海航道桥和青州航道桥。

　　再向前，港珠澳大桥会通过大桥西人工岛，大桥将从这里转入海底隧道。港珠澳大桥采用的是“海中桥隧”方案。西人工岛是主体桥梁和海底隧道的转换平台，还同时起到以桥梁养护、救援、办公等作用。

　　穿过5664米的海底隧道，就抵达了海底隧道的出口东人工岛。东人工岛为集交通、管理、服务、救援和观光功能为一体的综合运营中心，将来还会开放游客观景功能。