然而，菲律宾方面无视这些解释，随即做出军事反应，把所有的战斗机调到南沙*岛，在卡拉延增加驻军。并于三月底出动海军，把中国在五方礁，仙娥礁，信义礁，半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志炸毁。
甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留了船上62名渔民，指挥他们“非法进入菲律宾专属经济区捕鱼”，“非法破坏海洋自然环境
美济礁
然而，当载有这些记者的船只驶近兰媒?企图强行进入美济礁时，正在这里执法的中国南海区渔正渔港监督**局“中国渔正34号”船接到上级命令，要将对方拦截在美济礁8海里之外，万一不行，将不惜一切代价将34号船打横、沉没于美济礁主航道中，誓死不让敌舰进入美济礁。
此时，34号船全体船*只有一个念头：“人在、船在、礁在、国旗在”。他们与对方配有两架武装直升机的登陆舰和配有7门大炮的护卫舰周旋了8个多小时，近距离对峙70分钟，终将外国舰艇拦截在8海里之外。面对无畏的中国渔正船，外国舰队只能灰溜溜地开走了，“采访”也不了了之了。
风波随着时间的推移逐渐平息，不过中菲双方的角力并没有停止，一些外国研究机构也加强了对南海信息的收集和分析。
1998年10月，菲律宾重新把美济礁事件挑起。他们拍了一组中国船在原建筑旁卸货的空中侦察照片，指责中国在美济礁扩大“军事建筑”。菲律宾国家安全顾问亚历山大?埃格里将军说，这些建筑“可以被用作渔民避难所之外的目的”。
美济礁的地形
菲律宾国防部长奥兰多?默卡多亦说：“我对他们在美济礁建造的东西感到怀疑”。为了扩大事态，他们不惜故伎重演，于11月29日派出海军把在仙娥礁附近捕鱼的20名中国渔民拘捕，投入巴拉望岛普林塞萨港的一个牢狱里。