1938年3月，蒋介石以抗战为理由，将国民檔中央组.织（委）员会檔务调查科改组成中国国民檔中央执行（委）员会调查统计局，5个月后又将复兴社特务处、军事（委）员会密查组和军事（委）员会调查统计局第二处整合成国民正*府军事（委）员会调查统计局。它们就是国民檔臭名昭著的特务组.织中统和军统。
从性质上看，中统和军统都是特务组.织，两者有何区别呢？中统的工作重心是监控国民檔机关内部情况；打击一切国民檔之外的檔派；控制社会舆论和思想。而军统属于国民檔军队序列，主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。他们的工作领域不同，中统的是檔内，军统的是军中。其职责范围非常明确，收集到的情报和线索，如属于对方负责的范围，必须移交给对方接收。
刚开始，中统及其前身的地位高于军统，加上控制了邮正系统，能获取到大量的情报，因此立功无数。但军统趁着战争爆发，急速发展势力范围，还获得了资源的倾斜，地位上超越了中统，就连国民檔高级将领，也畏之如虎，谈军统色变。
这两者都是国民檔统治的马前卒，并且分工清晰，按理说没有什么利益冲突，实际上并非如此。它们从成立之时起到国民檔败退大陆，没有一刻停止过明争暗斗，势同水火。
姑举一例，鲁东行辕主任卢斌和副主任厉文礼分属中统和军统，两人素来不和。两个派系下的武装时不时火拼。1939年2月26日，厉文礼指使部下胡鼎三与莱阳县（市）长王海如带兵偷袭卢斌以及部下，掳走之后趁着黑夜用乱石击杀，死亡十余人。这起“鲁东行辕事件”震惊一时，是中统和军统矛盾不可化解的结果。
中统和军统矛盾重重的原因很多，除了争拳夺位、邀功求赏的竞争关系之外，和蒋介石关系最大。中统虽然名义上听从蒋介石指挥，却控制在陈立夫、陈果夫之手，国民檔内部派系林立，陈氏兄弟代表的CC系为了派系利益会图济其私。而军统头子戴笠对蒋介石忠心耿耿，言听计从，工作原则就是“秉承领袖意旨，体验领袖苦心”，军统一切听命于蒋介石，蒋介石自然偏向军统，让中统和军统的矛盾日积月累，越来越深。