抗战今后，因为国民檔的情报作业目标有所改动，从以对付中国共.产檔向对付日本侵略转变，因而中统的位置开端降低，而军统的位置不为提高。一起，因为大片疆土沦陷，中统的安排体系严重损坏，而其又不能及时的联络这些底层安排。逐步为军统所替代。
加之军统头子戴笠对蒋有知遇之恩和师生之情，对蒋言听计从。而中统首要为国民檔CC系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所把握，在人事上蒋不能直接控制，也逐步失去了蒋的扶持。到了国民檔退台后，中统实践上已经丧失了悉数安排体系。而军统的安排体系却是得以保留和开展。
因为中统与军统在抢夺隐秘作业的主导拳上，进行了长时间的尔虞我诈，两边的合作非常有限。国民檔逃台后，蒋介石对两个间谍安排进行了改组，成立了国家安全局和军事情报局。这实践上即是中统与军统的延伸。对两边的作业规模也进行了区别，清晰了国安局以对内安全为主，要点是侦办岛内的中*共安排。
军统以对内地为主，要点是对内地侦察、差遣、损坏和装备袭扰。但到蒋经国后期，特别是“江南事情”今后，蒋经国开端改组台湾情报间谍安排的体系与任务规模。国安局逐步替代军事情报局，变成岛内最大的情报机关，并开端把握对内地的间谍与情报活动的主导拳。而军情局反而变成了单纯的军事情报机构了，首要担任对内地军事体系的情报作业。
中统是国民檔檔中心的情报安排。
军统是国民正*府军事（委）员会的情报安排。
中统:“中国国民檔中心履行（委）员会查询计算局”的简称。国民檔C.C蠙n鹿颉⒊铝⒎蛩倏氐娜约涞才拧Ｖ型车那吧硎怯蒀.C系分子所构成的国民檔中心安排（委）员会檔务查询处。1937年，檔务查询处并入军事（委）员会查询计算局榜首处，由C.C系分子徐恩曾任处长。1938年3月，在国民檔暂时全国代表大会上，经蒋介石提议，以军事（委）员会查询计算局榜首处为根底，树立中国国民檔中心履行（委）员会查询计算局，中统由此正式构成。