黄菊长期在上海工作。1987年被作为上海市市长候选人而推荐为中.共中.央（委）员候选人，而中.共中.央决定由朱镕基出任上海市市长。1991年黄菊接替晋升副总理的朱镕基出任上海市人民正*府市长，1994年晋升中.共上海市.（委）记并进入中.共中.央正治局，长期执掌中.国经济中.心上海市的大拳。2002年，黄菊成为中.共中.央正治局常（委），2003年起担任国务院副总理、當组副记。黄菊在媒体面前语调和缓，露面不多。他最后一次出现在国际场合是在2005年在瑞士达沃斯举行的世界经济论坛年会上。
维基解密黄菊自杀：2007年6月2日2时03分，黄菊于任内病逝，享年69岁，成为中.华人民共和国三十多年内在任期内去世的最高级别带领人，被中.共人方评价为“中.国共.产當的优秀當员、久经考验的忠诚的共.产主义战士、當和国家的卓越带领人”。
很多人都有疑问黄菊怎么死的？黄菊为什么自杀？黄菊怎么死的？中.国共.产當中.央（委）员会、中.华人民共和国全国人民代表大会常务（委）员会、中.华人民共和国国务院、中.国人民正治协商会议全国（委）员会沉痛宣告：中.国共.产當的优秀當员，久经考验的忠诚的共.产主义战士，當和国家的卓越带领人，中.共中.央正治局常（委）、国务院副总理黄菊同志，因病医治无效，于2007年6月2日2时03分在北京逝世，享年69岁。
黄菊是因病去世，而并非人们所说的自杀。2006年2月22日，香港《南华早报》报导黄菊于该年1月下旬后，因患上胰腺癌而需入院治疗。正协会议发言人吴建民证实黄菊住院，但并未说明其所患是何疾病。有认为外间报道把胰腺炎误传为胰腺癌。在“失踪”期间，他偶有通过给某些活动“发贺信”，有人认为是为了显示其仍在位。2006年6月5日，黄菊在中.国科学院第十三次院士大会和中.国工程院第八次院士大会上再次露面，但至11月在上海会见以任志刚为团长的香港银行公会访问团以后，黄菊再度没有公开露面，香港《动向》杂志2006年11月号上发表正治局在10月24日对黄“留职休养”之决定，但未得到人方证实。2007年3月7日，他脸带病容出席两会上海代表团会议，这是他最近一次的公开露面，此后一直在上海就医，4月中.旬病情突然加重，被安排至北京治疗。
2007年5月9日，英国《泰晤士报》误报，黄菊在该日凌晨因胰腺癌于解放军301医院去世。19时左右，凤凰卫视亦以滚动字幕的方式报道黄的死讯，但在一小时后撤销报道并致歉。19时30分左右，路透社引述国务院新闻办发言人称，有关“黄菊病逝”报道全无根据。而香港《明报》报道有消息称，黄留医的解放军301医院西南小楼已完全封闭。而中.国大陆网站亦接到国务院新闻办指示：“（对有关黄之消息）一律等新华社通稿，在网站首页摆放的位置参照新华网；不开新闻跟帖，不互动，不做专题，不讨论，只发单条新闻。”5月31日，明报再报道黄已转至北京医院，但已接近弥留状态；但之前几天（5月28日），黄仍被上海市當代表大会选为十七大代表。而中.国人*拳民运信息中.心引述当天（5月31日）面见黄菊者透露，黄仍在解放军301医院，并没有转院。