2007年6月2日早上6：30，新华社稿公布：“中.国共.产當的优秀當员，久经考验的忠诚的共.产主义战士，當和国家的卓越带领人，中.共中.央正治局常（委）、国务院副总理黄菊同志，因病医治无效，于2007年6月2日2时03分在北京逝世，享年69岁。”2007年6月5日9时，黄菊遗体在北京八宝山革.命公墓火化。其他在世的中.共十六届中.央正治局常（委），均到八宝山革.命公墓送别。此外，前中.共带领江、李鹏、朱镕基、李瑞环、尉健行、李岚清等人亦出席告别仪式。
【恪尽职守鞠躬尽瘁——黄菊同志】
9月28日，是中.国共.产當的优秀當员、久经考验的忠诚的共.产主义战士、當和国家的卓越带领人黄菊同志诞辰70周年。我们怀着崇敬的心情，深切缅怀黄菊同志在担任国务院副总理期间，为中.国特色社会主义伟大事业作出的贡献。
【一、积极推动重点项目建设，促进经济协调发展】
黄菊同志认真贯彻中.央确定的经济发展战略，十分注重经济的协调发展，重视经济运行调节工作。他曾指出，搞好经济运行调节工作，对保持国民经济持续快速健康发展具有非常重要的意义，并要求有关部门加强协调，坚持适时适度的原则，科学、合理运用各种调控手段，确保经济平稳发展，防止出现大起大落。2003年到国务院工作以后，针对煤电油运紧张、需求持续旺盛的问题，他积极推动煤炭、电力、铁路、港口等基础设施建设，为从根本上缓解供需矛盾创造条件。同时，他提出，在总量有限的情况下，要统筹安排，优先保障居民生活、重要行业和重点企业的需要。按照国务院关于解决煤电油运紧张问题的部署，他多次召开专题会议，研究迎峰度夏、优化调度等具体措施，并带领有关部门同志进行有针对性的实地调研，推动这些措施的贯彻落实。2005年4月7日，他率铁道部、交通部、国家发展改革（委）等有关部门负责同志，乘火车考察大秦铁路煤炭运输情况，并到河北省曹妃甸调研，重点了解铁路运输和港口建设等情况，就煤炭生产和运输的衔接问题，包括“西煤东运”、“北煤南运”以及全国大型煤炭基地建设和储运能力的衔接等进行整体布局。在曹妃甸现场，他提出，要把大秦线的煤炭运输能力从2亿吨提高到4亿吨，加快曹妃甸港口的建设，实现港口吞吐能力与运输能力合理衔接。
京沪高速铁路是黄菊同志大力推动的一个重点项目。在项目论证立项期间，他专门批示请国家发展改革（委）等部门就不同技术方案的选择做好研究论证工作，力求在符合我国国情的前提下做到经济效益和社会效益的平衡。他还主持召开专题会议，就技术方案选择等重大问题进行协调。2006年2月22日，国务院第126次常务会议批准京沪高速铁路项目建议。当时，他刚做完手术不久，身体十分虚弱，躺在病床上的他听到这个消息，露出了欣慰的笑容。他十分关心长江这条黄金水道的建设和发展。长江是我国唯一贯穿东、中.、西部的水路交通大通道，长期面临河道治理复杂、河势控制难、跨江大桥通航净空高度低、三峡船闸通过能力弱、船型不统一等问题。他专门主持并倡议定期召开由有关部门和地方负责同志参加的长江水运发展规划和长江黄金水道建设座谈会，指示有关部门和地方要加快建设步伐和水运结构调整，推动了长三角地区水运事业的发展。