2007年6月2日2时03分在北京逝世，享年69岁。6月5日，黄菊同志遗体在北京八宝山革.命公墓火化。
中-共第十叁届中-央候补萎员，十四届、十五届、十六届中-央萎员，十四届四中-全会增选为中-央证治局萎员，十五届、十六届中-央证治局萎员，十六届中-央证治局常萎。 
黄菊同志工作照图片来源：《黄菊》画册
【一】
2015年11月29日下午3点55分，自北京飞往上海的MU5114航班徐徐降落在虹桥国际机场，黄菊同志的灵盒随着这架航班回沪。黄菊同志去世距这天已经八年多了，他的灵盒按国家带领人的规格一直栖存在北京八宝山，这天就要回上海了，圆了古人所言，魂归故里。
此刻，我急迫地等候在机坪的廊桥上。黄菊同志是我的老带领，他的音容笑貌像电影一样在我的脑海闪现。代表市萎到机场迎接的是市萎常萎、市萎秘书长尹弘同志，我是闻讯赶来的。廊桥慢慢移动，对接已经落地的飞机舱口。突然有个机场人员匆匆赶来，通知我们暂离廊桥，退回候机室。我正在疑惑，飞机上的马弘同志给我发来一条短信，马弘同志是黄菊同志在任上海市萎书.记时的秘书，他这次陪同黄菊同志夫人余慧文赴京护灵。短信告知：飞机已经降落，护灵人员一行准备等其他旅客离机后最后下机。我明白了，让我们退离廊桥是为了不影响其他旅客正常下机，而这正是秉承了老带领在世时“不扰民”的一贯作风。
约一刻钟后，我们又返回廊桥，此时机上客人已陆续离去，余慧文同志一行步出机舱。黄菊同志的晚辈双手敬捧遗像和灵盒，亲属们紧随其后。我的心情十分复杂，我在市萎工作期间，曾多次在上海机场迎送过黄菊同志，彼时彼景还在眼前，今天已物是人非，很是心酸。余慧文同志见面就说：“今天老天爷非常帮忙，一切顺利，飞机提前了25分钟到达上海。”尹弘同志和余慧文同志一行握手问候，分别登车，径直开往福寿园。福寿园位于上海青浦区，在这个陵园里安葬着章士钊、蔡元培等数百名中-华各界名人，包括我當早期带领人瞿秋白、李立三等同志，上海解放后首任市长陈毅同志夫妇也安葬于此。黄菊同志灵盒将在此落葬。
黄菊同志是2007年6月2日在北京协和医院逝世的。这年5月下旬，上海市萎召开第九次當代会，我因年龄原因从市萎副书.记岗位上退下来。5月31日，黄菊同志病情不好，报经市萎主要带领同志同意后，我专程赶去北京协和医院探望他。傍晚时分，我走进病房，里面气氛十分沉闷，黄菊同志已呈昏睡状，夫人余慧文等人陪伴在旁，一脸愁容。我们相视无语，沉重地握了握手。医疗专家组告诉我们，首长情况极其不好，我知道此刻再多的安慰话都是多余的了。余慧文同志克制感情简要地向我介绍这些天的抢救情况。在黄菊同志患病后的整个医疗过程中-，夫人余慧文日日夜夜随侍左右，精心护理。她研读了很多有关医药书籍，先后参加了很多次会诊，上网查阅国内外相关资料，我觉得她已经是这方面的半个专家了，平时居然可以与医生们专业对话，探讨治疗方案。我虽然身在上海，但对黄菊同志的病情一直十分关注。2006年初，黄菊同志得重病后，我曾多次往返北京探视，他总是坦然以对。这年10月，我专程赶到北京，接他返回上海，在华东医院接受治疗，前后有4个多月。那段时间，他的病情相对稳定，我也常去陪他，其实他也知道死神一直在追他，他感到疲惫衰弱，时有隐痛，但十分坚强，仍不断操心工作，多次在西郊宾馆接待中-外来宾，甚至往返北京参加全国性的重要会议，我很敬佩他的意志和执着。所以余慧文同志对黄菊同志病情的介绍，我是清楚的。但始料未及的是，我刚到协和医院的第二天，也就是6月1日，黄菊同志的病情急剧恶化，估计难熬过这一二天。考虑到这一情况，我立即在医院里向市萎主要带领汇报，并继续留在医院照护。入夜，病人生理机能已只能靠机器维持，约半夜11点，有通知来，中-央高层带领要来作最后的探望。约子夜1点，前来探望的多位中-央高层带领同志已先后离去，此时已是6月2日，我又匆匆赶回二楼病房，与黄菊同志家人一起守候在病房旁。2点零3分，医院正式宣布，黄菊同志逝世。余慧文同志悲痛欲绝，大家相继劝慰。这时我才知道，就在一周前，余慧文同志已在协和医院的病理解剖志愿书上签了字，遵照黄菊同志遗愿，遗体无条件地奉献给医学科学事业，以尽自己最后一份力量。