三峡船闸的运行货运量（万吨）
与建库前相比，尽管确实有局部河段产生碍航现象，但川江总体通航条件大为改善，库区100多处主要险滩被淹，5000吨级单船和万吨级船队可以直达重庆港。上世纪90年代，三峡下游38公里处的葛洲坝年过闸货物量为1000万吨左右，据此，三峡船闸设计了年通过量万吨级的永久船闸，预计2030年达到饱和。但实际上随着航运条件的改善和经济的发展，大量货物选择水路运输，三峡船闸通航后第9年的2011年即突破万亿吨，2014年已达到1.2亿吨。这也导致大量船舶等待时间延长，甚至不得不使用滚装船和运输车辆实施“水—陆—水”的翻坝运输。为了缓解船闸压力，三峡不但新建了世界最大规模的升船机，而且第二船闸的也已开始调研工作。三峡建成十多年来，重庆港不但没有被堵塞，反而成为了西南地区的入海口。
防洪作用“目前，中游地区受洪水威胁的居民人数约为1000万人，预期在工程可能生效时将增至1450万人。三峡水库提供的310亿立方米的防洪库容将有效地控制大至1000年一遇的入库洪水，从而使中游平原地区免遭淹没。”《中华人民共和国三峡水利枢纽可行性研究报告》“长江上中下游的防洪治理依靠水库蓄洪节流其效果是较小的，远不如堤工、河道疏浚等其他方法。主要原因是长江的洪流时程表现为量大而峰平，蓄洪能抑低峰顶很少。”《长江三峡高坝永不可修的原由简释·论三峡水库的防洪效果及长江中下游的治理》
1998年特大洪水的洪峰通过三峡导流明渠图/黄正平
防洪能力虽非三峡争论的焦点，但却是新中国开始规划三峡的主因。万里长江，险在荆江。长江自三峡流出后，进入地势平缓的江汉平原，沉积速度大于侵蚀速度。随着河床的抬高和大堤的修筑，每到汛期，荆江就成为地上悬河，洪水水位高出两岸地面6～10米，一旦决口就是覆顶之灾。1954年长江流域特大洪水，虽然使用了分洪区等手段，仍导致湖北全省超过3万人丧生，受灾田地超过2000万余亩，受灾人口超过1000万。此后水利部门开始规划三峡工程，希望一劳永逸地解决荆江防洪问题。在50年代，由于技术限制，三峡工程搁置下来；而到了80年代，再次提出三峡工程的缘由，仍然是洪水的威胁。
在三峡工程修建前，荆江段仅仅依靠堤防，只能防御十年一遇的洪水，加上荆江分洪区，约可防御四十年一遇洪水。1998年洪水的峰值并不高，为6.33万立方米/秒，不到二十年一遇，但持续时间长，总洪水流量较高。导致大堤干堤上出现了9000多处险情，动用了670多万人进行抢险和抢护。荆江分洪区自1954年以来再次准备使用，临时转移人口30万。但分洪虽然可以缓解下游压力，但在分洪区造成的损失也极为巨大，预计经济损失超过百亿元，因此最终没有动用。
三峡在2010年和2012年，都迎来了峰謾n�7万立方米/秒的洪水。经过三峡水库后，出库流量不到5万立方米/秒，大堤干堤上只是出现了一些散浸的小险情。如果没有三峡工程，宜昌、枝城、沙市乃至汉口都可能超警戒水位，大量人员都将上堤巡查抢险，部分分洪区也会进行分洪。据估算，仅2010年三峡拦截的洪水，其防洪效益就达266.3亿元。
2012年71200立方米/秒洪水调度过程，三峡对荆江洪水的削峰能力无可替代。
相对于反方观点，在荆江区域片面依赖堤工和河道疏浚，不可能达成三峡的效果。也有人认识三峡仅能控制长江上游水量，对中下游洪水并无作用。但以荆江段而言，宜昌（三峡）的水量占据沙市（荆州）流量的95%，城陵矶（岳阳）流量的76%，汉口（武汉）流量的66%，可见长江中下游的洪水主要来自于三峡以上的上游地区。三峡工程防洪库容为221.5亿立方米，相当于4个荆江分洪区的蓄洪量。而随着上游干流和主要支流上一系列水利工程的建设，洪水对长江中下游的威胁将进一步削弱。
展望三峡
当然，以上并非是说三峡反对者当年的立论都是不成立的，例如清水下泄、库区地质灾害等也都客观存在。但这些问题在论证时已经纳入了考量，今天也有妥善措施加以处理。三峡工程技术总负责人潘家铮院士曾说过：对三峡工程贡献最大的人是那些反对者。一些反对意见让三峡的论证更科学，施工更完善。不过，区分合理的质疑和无稽之谈也是必要的。在网上流传的种种流言中，有些是前人的说法，在实践中已经被否认了；有些是完全虚构的；更有无耻者冒用逝者名义信口胡言。而区别真伪的工具，仍在于逻辑与实证。