在反对袁世凯称帝的战斗中不得不天干物燥的地域与炎热湿润的地域之间辗转，强大的气候与地理差异，蔡锷水土不服再加上一路上休息不足，终于病倒了。后来致力于护国战争，蔡锷根本没有时间和精力静下来好好调理身体，最终致使细菌感染到他的咽喉，进入医院救治时已经无力回天了，他的身体虚弱至极，根本不能承受任何大手术。最终智能依靠药物调养以维持生病，不过还没撑过这一劫，病逝时年仅34岁。
然而除了这个普遍受到认同的说法，还有的一些传言称他是由于喉癌，或者是因为生性风流患了性病，诸如此类。因为肺结核会传染，因此对于他身边的人能够安然无恙，至今还有不少网友持有质疑态度。
蔡锷与袁世凯交谊的历史细节
作者：袁泉
在正治家的字典里是没有“仇”和“恨”的，在抱负和大局面前，它们微不足道，这是期成大事者必备的风范和局量。蔡锷是这样的人，袁世凯亦然。
1924年，所谓“讨逆军总司令”吴佩孚成为第一个登上美国《时代周刊》的中国人。《时代周刊》创刊于1923年，如果早创个十年八载，想必这个第一不会是吴总司令。至少在1916年，有两个人可能成为这个“第一”，一个是袁世凯，一个是蔡锷。前者曾是中华民国大总统，在1916年1月1日更将民国改为帝国，建元洪宪，自封皇帝，这不仅在中国，在国际上也是个大事件，比之吴佩孚，袁世凯似乎更配得上“Biggest man in China”（《时代周刊》对吴佩孚的评价）的称号；后者是中华帝国的反对者和摧毁者，并且在这一年病故，可谓为国捐躯，因此也成为享受中华民国国葬礼遇的第一人。
1916年中国的主角无疑就是这两个人。说袁世凯是主角应该无人反对，而说蔡锷是主角恐怕会有人质疑：难道唐继尧不是吗？孙中山不是吗？梁启超不是吗？
他们可以入围，但都不能获选。唐继尧是护国主将之一，可他不曾和袁世凯面对面地斗智斗勇、周旋腾挪。梁启超作为一代文豪敢赴凶险，殊为可贵，但毕竟缺少金戈铁马、月小云低的壮景。而斗智斗勇、周旋腾挪，万里间关、冒死犯难，金戈铁马、月小云低，这些却全部被蔡锷集于一身；更重要的是，他抱病作战，视死如归，这种舍己为国的精神令时人感佩景仰。他在困境中奋起，在胜利中永诀，这份感动与遗憾又为他增添了传奇和悲壮色彩。