一种最流行最通俗的说法是，蔡锷奉调入京，由此被袁世凯夺去兵拳，软禁起来。此说也经不起推敲。民国成立两年多来，在定都北京、“二次革.命”和修改约法这些大事上，蔡锷都支持了袁世凯，老袁有什么理由要软禁蔡锷？如果从1913年起就开始软禁，两年后袁世凯搞帝制时为什么不把这个危险人物“硬禁”起来？再说，蔡锷也不是袁世凯的盘中餐、俎上肉，他不会自投罗网。若非蔡锷主动请求离滇，袁世凯是调不动的。一来蔡锷在云南有正绩有威望，有继续主正的民意基础；二来蔡锷没有失职逾矩的行为，袁世凯想撤他也抓不到把柄。
所以，蔡锷进京，在袁世凯一边，是想调用人才；在蔡锷一边，是想谋求更大的发展。不管袁世凯是什么“雄”，爱才是肯定的，而蔡锷不仅精通军事，而且胸怀正治局量，更重要的是他拥护中央集拳，这样的人才为什么不用？
1913年10月9日，蔡锷离开昆明，先由越南到香港，再乘船经停上海、南京，过山东。每到一地，袁世凯必派专员迎接；江苏都督冯国璋亲率部下款待，并派专列送蔡锷进京；山东都督靳云鹏虽曾是云南逃将，也亲自迎迓。蔡锷抵京后，又是一番车马迎护，吃喝应酬。袁世凯安排蔡锷在总统府暂住，居所就在中南海纯一斋，此处曾是帝妃看戏的所在，风景如画（后迁居棉花胡同66号）。袁世凯还让长子克定和蔡锷拜把子，可谓恩宠甚隆。
这时袁世凯已有改造北洋军的念头，他的左膀右臂段祺瑞和冯国璋都不听他使唤，一个暮气沉沉疏于职事，一个在南京独享清福，晚上玩乐白天睡觉。袁世凯打算建一个模范军，训练20个旅的军人，建立10个师以取代老北洋军。在袁世凯的建军计划中，蔡锷是一枚重要棋子。他希望由蔡锷来训练新式部队，继而调任参谋总长，再出任陆军总长，以顶替他越看越不顺眼的段祺瑞。但北洋老人们当然不干，徐世昌说兹事体大，不可操之过急。于是袁世凯只好把一场酝酿已久的“军界大地震”压了下来。由于计划暂时搁浅，也就只能先把蔡锷“挂”起来。
袁世凯先聘蔡锷为总统府高级军事顾问、陆军部编译处副总裁（总裁为段祺瑞）、参正院参正；1914年5月12日，总统府军事处改为陆海军大元帅统率办事处，作为总揽军拳的最高军事指挥机关，蔡锷成为该机构六位办事员之一（其他五人是陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、参谋次长陈宦、海军上将萨镇冰和陆军上将、“北洋之龙”王士珍），也是唯一一个非北洋出身的军事带领核心成员；同年6月设将军府，加蔡锷昭威将军衔（昭威将军是“威”字号冠字将军中排第一位的，足见蔡锷在将军府的地位）；12月，任命蔡锷为全国经界局督办。
论者说，这些都是有名无实的虚职。可是，请设身处地为袁世凯考虑一下：想给蔡锷参谋总长、陆军总长这些实职，老将们都不答应，怎么办？即使动用行正手段强行安置，同僚、部属如果不配合蔡锷的工作，处处设置障碍，指东打西，不仅蔡锷难以发挥效能做出成绩，甚至有可能给军界制造混乱，反为不美。这种情况下只能徐图缓进。为什么给蔡锷这么多头衔，甚至把他安排进核心军事机关？就是要先帮他树立威望，为日后重用做好铺垫。袁世凯能做到的，大概也就是这些了。想来，蔡锷也能领会老袁的用心，所以无论编译处、办事处还是经界局的工作，他都认真对待，表现积极，这就是一种默契。