更为重要的是，在“港珠澳公民”的基础上，三地正*府应考虑向中国中央正*府申请成立专注于研究“一国两制”协同发展的研究机构，承担“一国两制”融合的大课题，探讨如何推进三地深度合作和高度融合，令港澳珠三地社会、经济发展互相借力，而非各自为正，以此推动三地的社会、经济进一步发展。这不但将是三地应对未知挑战的未雨绸缪之策，也可为粤港澳大湾区未来的融合发展提供经验和案例。
其三，打造港珠澳大桥的港口联盟，以降低运输成本，增加国际影响力和话语拳。
近年来，在国际海运运能过剩30%，而且运费几乎跌到谷底之时，打造港口联盟以分享船只、航线和停靠港，是降低成本的必要之举。
厄勒海峡大桥通车后，丹麦的哥本哈根港口与瑞典马尔默港口迅速合并为一家公司：哥本哈根-马尔默港口，这种两个国家间的港口合并是史无前例的，两个港口通过资源共享展开联营的好处，是能将过去在不同港口挂靠的船运公司的谈判对象合而为一，大大简化用户的谈判程序。同时，联营港口能全面平衡货物运量，大大减少空箱率，降低成本，而且还能提供统一物流服务。通过逾17年的发展，这一联营港口已逐渐成为欧洲航运中心和物流集散中心。
显而易见，港珠澳三地当前的条件，远比哥本哈根与马尔默组建的联营港口更有发展优势。港珠澳大桥连接的三个城市海空交通都非常发达，有珠海、澳门、香港三大机场，加上澳门深水港、香港葵涌货柜码头、珠海高栏港等港口。如果三地的机场、港口能够深入合作，甚至进一步组建成一个类似联营港、航运公司联盟的组.织，港珠澳口、机场和航运公司之间的优势互补，很大可能将发展成一个从储存、包装、装卸到流通、加工、配备等集于一身的新型国际航运联盟。
珠海也可以成为粤港澳大湾区、广东西部地区生产要素集散中心, 大湾区和西部地区的生产要素可通过大桥、高铁进入中国内地，广东西部地区的生产要素也可通过香港及澳门的国际机场和港口送达全球。
更为要紧的是，打造港珠澳新型国际航运联盟，将显着增加中国在航运业的国际影响力和话语拳。遭受2008年环球金融危机冲击，国际集装箱航运业近年来持续低潮，唯有以结盟、联营以求生和增加国际话语拳，当前国际上共有三大航运联盟：马士基（MAERSK LINE）和地中海航运（MSC）组成的2M联盟，以及大洋联盟（OCEAN Alliance）。