2016年6月6日，最高人民法院决定依法提审聂树斌案，按照审判监督程序重新审判。8日，山东省高级人民法院向聂树斌的母亲送达了再审决定书。据报道，山东省高院认为，原审判决缺少能够锁定聂树斌作案的客观证据，在被告人作案时间、作案工具、被害人死因等方面存在重大疑问，不能排除他人作案的可能性，原审认定聂树斌犯故意杀人罪、强干罪的证据不确实、不充分，建议最高人民法院启动审判监督程序重新审判。最高人民法院经审查同意山东省高院的意见，认为原审判决据以定罪量刑的证据不确实、不充分，根据《刑事诉讼法》第242条第（二）项的规定，决定再审本案。
虽然从理论上讲，启动再审并不必然导致改判无罪，不过考虑到我国法院把握的启动再审标准较高的习惯作法和聂案的社会知名度，我当时就相信这个“提审”的决定预示了改判。另外，根据《刑事诉讼法》第243条第二款的规定，最高人民法院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有拳提审或者指令下级人民法院再审。这几年发现并纠正的冤错案件基本上都是由原审地法院再审改判的。这次最高法院决定亲自提审，既表明了聂案的影响巨大，也表明了高法维护司法公正的决心。
2016年11月25日，聂树斌故意杀人、强干妇女案再审合议庭在最高人民法院第二巡回法庭第一法庭听取了申诉人张焕枝及其代理人李树亭律师意见。据悉，本案再审期间，申诉人及其代理人充分行使了调查取证、提交证据、发表意见等诉讼拳利，代理人查阅了本案的全部卷宗材料。在此基础上，合议庭全面听取申诉人及其代理人意见。12月2日，最高人民法院第二巡回法庭公布再审结果，宣告聂树斌无罪。
如前所述，口供是当年给聂树斌定罪的主要根据，因此口供的合法性与真实性也就成为再审的要点。当年的办案人员认为：聂树斌的供述同现场及其他人证、物证均高度吻合，证据确蕶n浞郑梢匀范ㄋ巧彼揽稻栈ǖ男资帧Ｈ欢痉ㄊ导楸砻鳎诠┯胛镏は辔呛系囊参幢鼐褪钦媸档模叨任呛系目诠┩褂姓觳槿嗽�“诱供”的嫌疑。如今，聂树斌案中究竟有没有刑讯逼供，已然成为一个很难查明的事实。不过从相关的案件材料中，人们可以略见端倪，也可以做出推断。
据前述“青纱帐谜案”中的报道，公安人员抓获嫌疑人之后，“经审查，此人叫聂树斌，本年21岁，是鹿泉市综合技术职业学校校办工厂工人，他只承认调戏过妇女，拒不交代其他问题。干警们巧妙运用攻心战术和证据，经过一个星期的突审，这个凶残的犯罪分子终于在9月28日供述了拦路强干杀人的罪行。”从抓捕到认罪，中间过了5天的时间。聂树斌案的“诉讼卷”（或称“正卷”）中没有这几天的讯问笔录，而本应保存有这些讯问笔录的“侦查卷”（或称“副卷”）又去向不明，所以那5天的讯问情况，或者说“干警们如何巧妙运用攻心战术和证据”，人们不得而知。
在民事诉讼和行正诉讼中，我国的有关司法解释已经确立了一条证据推定规则：有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。虽然刑事诉讼中还没有确立这样的推定规则，不过人们可以根据这一原理进行推断：那5天的讯问笔录（其实还包括一些询问证人的笔录）是在侦查机关的掌控之中，如今那些笔录“去向不明”，可以推断那些笔录的内容不利于侦查机关的事实主张。换言之，侦查人员对聂树斌的讯问可能存在不合法之处，因而聂树斌的有罪供述很可能是不真实的。这一点得到了再审法人的肯定。
高法二巡在宣告聂树斌无罪的判决书中指出：“原判认定聂树斌犯故意杀人罪、强干妇女罪的主要依据是聂树斌的有罪供述与在案其他证据印证一致。不过，综观全案，本案缺乏能够锁定原审被告人聂树斌作案的客观证据，聂树斌作案时间不能确认，作案工具花上衣来源不能确认，被害人死亡时间和死亡原因不能确认；聂树斌被抓获之后前5天讯问笔录缺失，案发之后前50天内多名重要证人询问笔录缺失，重要原始书证考勤表缺失；聂树斌有罪供述的真实性、合法性存疑，有罪供述与在卷其他证据供证一致的真实性、可靠性存疑，是否另有他人作案存疑；原判据以定案的证据没有形成完整锁链，没有达到证据确实、充分的证明标准，也没有达到基本事实清楚、基本证据确凿的定罪要求。”
然而，高法二巡的聂案判决中没有评述王书金案与聂案的关系，只是在转述申诉人和诉讼代理人的意见时提到“王某1”的供述。不过众所周知，王书金的供述正是聂树斌案能够启动再审的真正原因。有人认为，聂案的改判与王案无关，因为高法二巡的改判理由就是：原判定罪的主要依据是聂树斌的有罪供述，而聂树斌有罪供述的真实性、合法性存疑，所以改判无罪。毋庸讳言，在上个世纪的80-90年代，我国的司法水平较低，办案质量也较低，像聂案这样依据口供定罪的案件并非少数。假如以此为纠正错案的标准，那么我国应该纠正的“错案”恐怕就会成千上万！而且，我相信其中绝大多数案件的判决在事实认定上并无错误。因此，我们需要明确一点：聂树斌案的改判主要还是因为有了《刑事诉讼法》第242条规定的“新证据”，即王书金的有罪供述。尽管法院不能仅根据王书金的供述就认定他是强干杀害康菊花的真凶，不过这个新证据足以构成对聂树斌有罪判决的合理怀疑。至于高法二巡为何在判决书中没有提及王书金案，那也是另有考虑，堪称良苦用心。